Si chiama Global Pathogen Analysis System e consente ai ricercatori di caricare le sequenze genomiche e ricevere informazioni su simili ceppi individuati nel mondo in pochi minuti
Da qualche tempo c’è un’arma in più per individuare precocemente le varianti di Sars-CoV-2: si chiama Global Pathogen Analysis System, GPAS, è l’ha messo a punto di gigante del cloud computing Oracle insieme all’università di Oxford, in prima fila contro la pandemia a partire dallo sviluppo del vaccino AstraZeneca. Tra le istituzioni che utilizzano la piattaforma ci sono già il Centro di ricerca dell’Università di Montreal, l’Istituto di ricerca sulla salute pubblica del Cile, l’Unità di ricerca clinica dell’università di Oxford in Vietnam, l’Istituto di patologia clinica e ricerca medica del Nuovo Galles del Sud e la Oxford Nanopore Technologies. Il Gpas fa anche parte della nuova piattaforma di valutazione delle varianti creata dal Servizio Sanitario nazionale inglese, come noto fra i più efficienti al mondo nel tracciamento di nuovi ceppi del virus.
Come funziona Gpas di Oracle
Di cosa si tratta nel dettaglio? Sviluppato utilizzando la Scalable Pathogen Pipeline Platform (SP3) di Oxford, Oracle APEX e Oracle Cloud Infrastructure (OCI), il Global Pathogen Analysis System è una piattaforma cloud che fornisce un sistema unificato e standardizzato per analizzare e confrontare i dati di sequenza genomica della Sars-CoV-2. I ricercatori possono quindi usare il sistema per caricare i dati dell’agente patogeno e ricevere risultati completi in pochi minuti. Con il permesso dell’utente, i risultati possono essere condivisi con i laboratori partecipanti al programma in tutto il mondo, in un ambiente sicuro. Dove è già stata individuata quella specifica sequenza? E quando? Rendere questi dati comprensibili e condivisibili può supportare le autorità sanitarie pubbliche a valutare e pianificare la loro risposta, dando loro una visione prima impossibile delle varianti emergenti anche. Anche in anticipo rispetto alla designazione ufficiale di un eventuale ceppo come variante potenzialmente pericolose.
Una continua valutazione dell’andamento pandemico
“Gpas è il primo servizio basato su standard di settore in tutto il mondo, e offre l’analisi standardizzata dei dati di sequenza per gli utenti in cloud – ha detto Derrick Crook, professore di microbiologia del dipartimento di Medicina Nuffield dell’università di Oxford – gli utenti saranno in grado di accedere, caricare ed elaborare i loro dati di sequenza completamente sotto il loro totale controllo e ricevere i dati completamente analizzati in appena 20 minuti dal caricamento andato a buon fine. Se scelgono di condividere i dati, contribuiranno alla dashboard dei dati globali che rivelano i cambiamenti quotidiani nel modo in cui la pandemia sta progredendo e come il virus sta cambiando. Questo permetterà una valutazione continua dell’andamento pandemico e aiuterà a guidare gli interventi nazionali e globali per contenere l’impatto del virus“.
“Quella contro il Covid-19 è una battaglia globale, eppure ai ricercatori è mancata l’infrastruttura tecnica per elaborare le sequenze grezze in modo rapido e sicuro e per condividere questi risultati in tutto il mondo” – ha detto il Chairman e Cto di Oracle, Larry Ellison – con Gpas stiamo portando la potenza e la sicurezza del nostro cloud a qualsiasi ricercatore, in qualsiasi luogo per dargli modo di contribuire alla soluzione. Più dati forniscono le istituzioni mediche, gli Stati e gli accademici, più rapidamente possiamo capire e agire per anticipare il coronavirus“.
Gli altri partner: c’è anche Tony Blair
Utilizzando la piattaforma, dunque, i ricercatori e gli Stati saranno infatti in grado di accedere rapidamente ai dati tempestivi e rilevanti di cui hanno bisogno per effettuare analisi scientifiche aggiornate e prendere decisioni di politica e sicurezza meglio informate riguardo alle nuove varianti. Nel quadro della loro collaborazione con il Global Health Security Consortium (GHSC), inoltre, il “Lawrence J. Ellison Institute for Transformative Medicine” (“Ellison Institute”) e il “Tony Blair Institute (TBI) for Global Change” hanno lavorato in coordinamento con Oxford e Oracle per sostenere lo sviluppo della piattaforma e per metterla a disposizione dei ricercatori di tutto il mondo.
“La totale impreparazione del nostro mondo per la pandemia di Covid-19 ha evidenziato la necessità di lavorare in modo diverso per identificare soluzioni che siano pragmatiche e in grado di scalare di fronte alle sfide – ha detto il dottor David B. Agus, membro del Ghsc e Ceo dell’Ellison Institute – Gpas è un elemento chiave nell’infrastruttura globale dei dati per avere un sistema di sorveglianza e allarme rapido, a livello mondiale“.
“Sappiamo fin troppo bene che i virus non rispettano i confini ed è per questo che dobbiamo adottare un approccio globale e unificato per contenere questa pandemia – ha aggiunto Tony Blair, Executive Chairman del TBI ed ex primo ministro britannico – questa piattaforma prevede di poter raccogliere i dati molto più rapidamente, aiutandoci a capire meglio e ad anticipare i modelli di diffusione più in fretta, in modo che gli Stati possano prendere decisioni politiche migliori e mitigare l’impatto devastante che questo virus continua a infliggere nei singoli Paesi e in tutto il mondo“.
